Aby dobrze praktykować zazen, trzeba przyjąć prawidłową pozycję. Nie dlatego, że taka jest tradycja, lecz dlatego, że ten sposób siadania w zazen jest stabilny, silny, a zarazem delikatny. Żadna inna pozycja nie pozwala równie skutecznie medytować.
Czytaj też: Czym jest medytacja zazen?
Najpierw siadamy na środku poduszki. Następnie układamy nogi. W zależności od możliwości, układamy jedną stopę górną stroną na łydce drugiej nogi („ćwierćlotos”), na udzie drugiej nogi („półlotos”) lub kładziemy także drugą stopę na udzie pierwszej nogi (pełny lotos). Jeśli nie jesteśmy rozciągnięci, to można też podkurczyć jedną nogę, a drugą położyć tak, że nogi tworzą kształt trójkąta (pozycja birmańska). Gdy ułożymy stopy, przenosimy ciężar ciała na kolana, opierając ręce na podłodze, i wyginamy plecy, robiąc głową skłon do podłogi przed sobą. Potem odrywamy ręce od podłogi, chwytamy poduszkę i dzięki uniesieniu pośladków dobrze podsuwamy poduszkę pod pupę. Następnie prostujemy się na wdechu. Powinniśmy siedzieć na poduszce miejscem pomiędzy organami płciowymi a odbytem. W tym miejscu zaczyna się kręgosłup. Jeśli usiądziemy prawidłowo, to pozycja będzie utrzymywana naturalnie właśnie przez kręgosłup. Nie trzeba będzie używać mięśni pleców, by ją utrzymać, co jest bardzo istotne, by się rozluźnić. Kolejnym krokiem jest uchwycenie właściwego środka. By to osiągnąć, zaczynamy wychylać się na boki – najpierw wychylamy się mocno, a potem amplituda wychyleń maleje, aż osiągamy pion.
Kręgosłup powinien być naturalnie, fizjologicznie wygięty w części lędźwiowej do przodu, w części piersiowej delikatnie do tyłu. Całe ciało powinno być rozluźnione, a brzuch powinien opadać swobodnie do przodu. Ramiona znajdują się w jednej płaszczyźnie pionowej z uszami, nos w jednej płaszczyźnie pionowej z pępkiem. Lewa dłoń położna jest na prawej, tak aby palce lewej ręki pokrywały dokładnie palce prawej ręki. Kciuki złączone u góry tworzą z resztą dłoni owal. Tak ułożone dłonie powinny krawędziami przylegać do brzucha kilka centymetrów pod pępkiem. Najlepiej zawiązać w pasie jakiś materiał albo położyć na nogach małą poduszkę, tak by dłonie były na czymś oparte. Jeśli nie mamy takiej podpórki, to lepiej trzymać ręce na udach, niż trzymać je w powietrzu, gdyż wtedy łatwo męczą się ramiona i napinamy je, zamiast rozluźnić.

Oczy nie są ani zamknięte, ani otwarte – półprzymknięte spoglądają na ścianę lub podłogę około metr przed nami. Głowa jest wyciągnięta do góry tak, jakby do czubka naszej głowy był przymocowany sznurek, za który ktoś pociągnął. Jednocześnie broda jest przyciągnięta lekko do szyi – tak, aby w szyi powstało bardzo delikatne napięcie. To powinno być jedyne napięcie w ciele. Oddychamy głęboko i naturalnie, a podczas medytacji skupiamy się na obserwacji tego oddechu.
Pozycja może być początkowo trudna, ale pod wypływem praktyki nieprzyjemne uczucia przestaną nam doskwierać. Bardzo ważne jest, aby dobrać odpowiednią wielkość poduszki do medytacji oraz aby przynajmniej co jakiś czas siedzieć w zazen z grupą praktykujących, zamiast opierać się wyłącznie na swoich wyobrażeniach.

Osoby z bardzo dużymi problemami przy przyjmowaniu pozycji na poduszce mogą wykorzystać niedużą ławeczkę medytacyjną (taboret). W przypadku osób starszych lub z chorobami kolan, albo np. po operacji wszczepienia endoprotezy, możliwe jest przyjęcie pozycji na krześle. W tym przypadku należy także zwrócić uwagę, by plecy nie opierały się o oparcie, a kręgosłup ułożony był w sposób omówiony wcześniej.